nota di accredito fotnitori

ciao,
un mio fornitore mi ha fatto una fattura, successivamente due note di credito.
quetsa fattura l'ho pagata in due tranche,solo che nel secondo pagamento mi hanno scalato l'importo delle 2 note di credito.
quando vado nel programma per pagarle, prima effettuo un pagamento del prima tranche, poi (ovviamente) mi rimane l'importo definitivo da pagare (compreso le note di credito).
così ho creato una nota di credito fornitori per l'importo delle loro note di credito.
come faccio a togliere questo importo dal pagamento della fattura stessa?? non è una nota di credito per reso fornitori, ma una nota di credito per servizi..
se pago la nota di credito poi me la scala dall'importo della fattura??
spero di essermi spiegata..ma nn credo!!
grazie